تمت إعادة صياغة الطروحات السابقة وإعادة تفسيرها في التراث الإسلامي، الذي يعتمد بشكل كبير على الرؤية التوراتية التي تجعل من بابل مكاناً للفجور والمعرفة المنحرفة.
السورة الوحيدة التي تذكر بابل صراحة في القرأن هي البقرة (الآية ١٠٢)، والتي تذكر ملاكين هما هاروت وماروت (اسمهما مستوحى من كيانين من الزرادشتية الإيرانية وهما هاروفتات وأمارتات) وتتحدث تفسيراتها أنهما قاما بعلاقة حميمة مع امرأة بعد أن تناولا الخمر، وهما عرضا على أهل بابل أن يعلمانهم بأمرالله طرق السحر والشعوذة مع تحذيرهما المسبق من عواقبها المضرة. أما فكرة برج بابل فنجد لها مثيلاً في القرأن في قصة فرعون مصر الذي طلب من وزيره أن يبني له صرحاً لمقابلة إله موسى.
يروي الطبري عالم الفقه الإسلامي في القرن التاسع في كتابه تاريخ الأنبياء والملوك، كيف أسست بابل من قبل الملك نمرود الذي أتيحت له فرصة مناقشة إبراهيم حول قوة الله. ثم ذكر الطبري حملات بخترشاه على القدس، والذي يسميه أيضاً بـ نبوخذ نصر بن نابوزراذان بن سنحاريب بن داريوس بن نمرود، وتدميره المدينة ونقل كنوزها إلى بابل قبل أن تنتقل من بين يدي حفيده الملك بلشاصر إلى داريوس الميدي.
في نفس الوقت الذي تم فيه نقل هذا التقليد التاريخي غير المتجانس للغاية، استطاع العلماء الجغرافيون العرب تحديد موقع المدينة رغم اختفاء آثارها الرئيسية تماماً. وكان التقليد اليهودي أيضاً على علم بموقع بابل التي زارها الحاخام بنيامين دي توديل في إسبانيا في القرن الثاني عشر.
ومنذ عام ١٦١٩ حدد النبيل الروماني بيترو ديلا فالي موقع بابل بشكل صحيح، مع مجموعة من القياسات الطبوغرافية، التي استعان بها اليسوعي الألماني أثناسيوس كيرشر في كتابه عن برج بابل الذي نشر عام ١٦٧٩.