Les recherches archéologiques sur la citadelle de Damas, dirigées de 1999 à 2006 par Sophie Berthier et Edmond Al-Ejji (DGAM) dans le cadre d’un programme franco-syrien IFEAD/IFPO- DGAM (Direction Générale des Antiquités et des Musées de Syrie), en collaboration scientifique avec des spécialistes du Laboratoire d’Archéologie Médiévale et Moderne en Méditerranée, ont profondément renouvelé la vision de l’évolution de la forteresse, résidence princière et centre de pouvoir, sous les Zenghides et les Ayyoubides puis sous les Mamelouks et les Ottomans.

Un ambitieux programme de fouilles archéologiques conduit dans les secteurs-clefs du monument a eu pour but de préciser la chronologie des phases de construction, de cerner l’évolution de l’occupation et de la fonction des espaces bâtis, et d’innover dans le domaine de l’approche du mobilier. L’abondance des céramiques – poterie culinaire, vaisselle de table et de service, jarres de stockage et lampes – a permis l’élaboration de chronotypologies sur la longue durée, du Xe au XIXe siècle. Les fouilles ont par ailleurs livré des pièces exceptionnelles telles que des pièces de vêtement, des sacoches de cuir ainsi que divers types d’armement.

Les fouilles ont été accompagnées d’une d’étude du bâti, centrée sur des points forts des ouvrages de défense et de circulation, et tout particulièrement sur les portes, les salles et les galeries voûtées connexes. Pour le secteur de la porte orientale, l’étude a mis en évidence des restructurations à partir d’une première période caractérisée par la transformation d’une enceinte urbaine préexistante, et l’enrichissement progressif du système défensif du premier périmètre fortifié dès avant la création de la seconde enceinte au début du XIIIe siècle, dont la grande tour-porte reprend et complète un programme monumental préfiguré par son prédécesseur du XIIe siècle.

Au cœur du dispositif ayyoubide, la grande salle à coupole tétrastyle, entièrement fouillée, et la longue galerie couverte jointive ont été analysées dans leur relation avec l’accès à la tour-porte nord et à ses espaces connexes, ce qui a permis de restituer le lien complexe entre les ouvrages ayyoubides et leurs prédécesseurs.

À l’ouest, l’étude des élévations et les fouilles donna lieu à la découverte des vestiges et traces indirectes de deux portes successives de la seconde enceinte, la première ayyoubide et la seconde mamelouke, dissimulées dans un réaménagement d’époque ottomane.

Au sud, la fouille et l’étude architecturale d’un prestigieux corps de bâtiment a livré, outre un riche ensemble d'artefacts militaires mamelouks, les clefs pour une relecture de l’occupation depuis l’édification à la fin du XIIe siècle, à la veille du début du chantier de la seconde enceinte en 1203.

Au centre de l’enceinte ancienne, les vestiges d’une porte à deux tours, enchâssés dans les constructions postérieures, ont été fouillés et étudiés dans leur rapport avec la typochronologie des constructions antérieures au XIIIe siècle.