Vue de l'abbatiale gothique et de la chapelle Saint-Clément.  © Ministère de la culture / M. Wyss, A.-B. Pimpaud, M.-O. Agnes.

Vue de l'abbatiale gothique et de la chapelle Saint-Clément. 
© Ministère de la culture / M. Wyss, A.-B. Pimpaud, M.-O. Agnes.

La reconstruction de la basilique s'achève par le rehaussement du chœur, par l'édification d'un nouveau transept à collatéraux doubles et d'une nef reliant le tout au massif occidental conservé en l'état. Dans un deuxième temps, on adjoint des chapelles au bas-côté nord. L'aspect de l'actuelle basilique gothique porte toujours témoignage de ce développement maximal de l'édifice ; seule la tour nord, sommée d'une flèche, a été démolie en 1847.

L'exactitude des vues et levés anciens du cloître a pu être vérifiée par l'archéologie. L'avancée du transept gothique sur la galerie romane entraîna la reconstruction de la galerie nord adossée à l'église. La silhouette de cette galerie se distingue par le développement architectural de la travée qui abrite le portail du bras sud du transept. À l'est du cloître, le bâtiment des moines est réédifié sur le plan d'une construction longue de onze travées. Le dortoir logé à l'étage du bâtiment est relié à l'église au moyen d'un escalier de nuit, placé à cheval sur l'extrémité nord de la galerie de cloître. Le voûtement du dortoir explique la présence d'une batterie d'arcs-boutants qui, côté cloître, enjambent la galerie romane conservée intacte. Au bâtiment des moines se raccorde la chapelle Saint-Clément qui, placée en équerre, s'étend vers l'est. L'édifice, relativement étroit et élevé, dut être voûté comme en témoignent les contreforts qui rythment ses six travées. Au sud, le dortoir communique avec les latrines installées dans un bâtiment greffé sur le mur pignon et traversé en son milieu par le Croult. Au sud du cloître, le réfectoire est également reconstruit.

Le bâtiment en rez-de-chaussée mesure sept travées de long. Le voûtement de cette salle à deux vaisseaux était supporté par une file axiale de fines colonnes dont on a retrouvé en fouille deux socles octogonaux toujours en place. Un édicule en faible saillie sur le mur sud, abrite l'escalier menant à la chaire du lecteur donnant sur le réfectoire. Dans une cour mitoyenne du réfectoire au sud, cuisine et dépendances semblent installées contre une clôture préexistante. Le bâtiment des cuisines est de plan carré avec des murs épaulés par des contreforts. La construction fut sans doute voûtée, à l'origine, et coiffée de cheminées. Dans un pavillon ménagé dans l'angle sud-ouest du cloître est placé le lavabo des moines. Sous l'aile de l'hôtellerie a été reconnu un cellier dont l'installation dut entraîner une reprise des niveaux intérieurs du bâtiment. Le trésor présente le plan trapézoïdal caractéristique d'une construction insérée entre l'hôtellerie et la basilique gothique. En rez-de-chaussée, le bâtiment abritait le vestibule de l'entrée du monastère. À l'étage se trouvait la salle du trésor ; on y montait en empruntant en escalier partant du bas-côté sud de la basilique.

Restitution du cloître gothique avec au premier plan, et de gauche à droite, le trésor, l'hôtellerie, le réfectoire, le bâtiment des cuisines et, au second plan, le bâtiment des moines.  © Ministère de la culture M. Wyss, A.-B. Pimpaud, M.-O. Agnes.
Restitution de la collégiale gothique Saint-Paul.  © Ministère de la culture M. Wyss, A.-B. Pimpaud, M.-O. Agnes.
Vue de la maison de la Cène et des églises Sainte-Geneviève, Saint-Michel-du-Degré, Saint-Barthélemy, Saint-Michel-du-Charnier, Saint-Pierre, Saint-Paul et La Madeleine.  © Ministère de la culture M. Wyss, A.-B. Pimpaud, M.-O. Agnes.

Restitution du cloître gothique avec au premier plan, et de gauche à droite, le trésor, l'hôtellerie, le réfectoire, le bâtiment des cuisines et, au second plan, le bâtiment des moines. 
© Ministère de la culture M. Wyss, A.-B. Pimpaud, M.-O. Agnes.

Restitution de la collégiale gothique Saint-Paul. 
© Ministère de la culture M. Wyss, A.-B. Pimpaud, M.-O. Agnes.

Vue de la maison de la Cène et des églises Sainte-Geneviève, Saint-Michel-du-Degré, Saint-Barthélemy, Saint-Michel-du-Charnier, Saint-Pierre, Saint-Paul et La Madeleine. 
© Ministère de la culture M. Wyss, A.-B. Pimpaud, M.-O. Agnes.

Au nord de la basilique, le cadre architectural atteint, pour la seconde fois, l'apogée de son développement architectural. L'église Saint-Paul est reconstruite avec des bas-côtés plus amples flanquant la nef romane préservée. Les contreforts qui renforcent l'abside et les murs extérieurs attestent le voûtement de l'édifice. Un élargissement des murs extérieurs, visible à hauteur des trois travées orientales, a pu correspondre à deux chapelles en légère saillie. L'église Saint-Barthélemy est reconstruite sans que son plan ne soit notablement modifié. À l'est de l'édifice s'implante Saint-Michel-du-Charnier, une église partiellement fouillée mais que documentent des plans et vues anciennes. La construction accolée à Saint-Pierre, est formée de la juxtaposition d'une nef et d'un chœur, deux volumes rectangulaires dont les axes d'orientation sont légèrement divergents. À l'angle nord-ouest, l'église a pu être flanquée, dès l'origine, d'une tour hors-œuvre, conjuguant les fonctions de porche et de beffroi. L'alignement d'églises est complété, à l'ouest, par Sainte-Geneviève, une construction qui investit la cour trapézoïdale, délimitée par des murs de clôture et de bâtiments préexistants. L'édifice, étudié en fouille, comprenait trois vaisseaux dont les voûtes d'ogives, soutenues par deux files de colonnes, ont pu être abritées sous une même toiture. Le chevet de l'église, jouxtant la nef de Saint-Michel-du-Degré, fit disparaître son ancienne tour de façade au bénéfice d'une abside, de plan barlong, uniquement éclairée par des baies ouvertes au nord et au sud. Le cimetière, bordé par toutes ces églises est refermé à l'ouest par l'édification de la maison de la Cène, un bâtiment allongé dont le cellier, reconnu en fouille, laisse déduire un étage surélevé. Au nord de l'église Saint-Pierre, un plan situe l'église de La Madeleine comme un édifice de plan rectangulaire dépourvu d'abside mais précédé en façade d'un clocher-porche.