L’histoire de Mari s’inscrit dans la longue durée : trois villes successives se sont développées sur les bords de l’Euphrate (Ville I à III), construites les unes au-dessus des autres.

Ville I (2900 - 2550 av. J.-C. environ)

La Ville I résulte d’une opération d’une ampleur exceptionnelle : la fondation ex nihilo d’une ville nouvelle dans la vallée de l’Euphrate syrien, pour contrôler les échanges et en tirer profit, sur un axe majeur de circulation – d’abord fluvial puis aussi terrestre – entre l’Anatolie et la Mésopotamie méridionale. Cette première ville, l’une des plus anciennes de l’histoire du Proche-Orient, reste mal connue mais les recherches récentes ont montré qu’elle était un centre actif d’artisanat du cuivre et du bronze et un espace de commerce.

Ville II (2550 - 2300 av. J.-C. environ)

La Ville II résulte d’une refondation urbaine totale : elle est l’une des grandes capitales de la Mésopotamie centrale, en relation étroite, et parfois conflictuelle, avec Ébla, à l’ouest, Kish et Ur au sud-est. Le très abondant matériel découvert dans ses sanctuaires témoigne de sa richesse et de son originalité. Mari est alors une métropole politique majeure, mais aussi un centre essentiel de la production métallurgique du cuivre ou de l’or et un foyer artistique de tout premier plan. La Ville II est probablement détruite par Sargon d’Akkad vers 2300 av. J.-C.

Ville III (2250 - 1760 av. J.-C. environ)

Une reconstruction progressive, mais générale, donna naissance à la Ville III qui fut le fait des shakkanakku, à l’origine simples gouverneurs d’Akkad. Ils s’établirent pour former une puissante dynastie dont les dépôts de fondation permettent de retracer les étapes de la reconstruction de la cité ; les statues trouvées dans les ruines du palais leur donnent parfois un visage. Mari retrouve alors sa place de capitale septentrionale.

Puis, probablement conquise par une tribu amorrite vers 1830 avant J.-C., Mari chercha, mais en vain, à garder cette position dominante, avant de succomber sous les coups de Hammurabi de Babylone. Le tell, sporadiquement occupé après l'antiquité, servit surtout de cimetière jusqu'à sa redécouverte en 1933.