En tant que directeur du Service des Antiquités égyptiennes, Jacques de Morgan renouvelle en profondeur l'organisation des musées d’Égypte.

Musée d’Alexandrie

Le prédécesseur de Jacques de Morgan, Eugène Grébaut, avait entamé les démarches pour fonder un musée portant sur les périodes grecque et romaine à Alexandrie. Mais les conditions négociées avec les Britanniques n’étaient pas favorables au Service. Morgan parvient à imposer que le recrutement de personnel ait son approbation, et concède à la municipalité un permis de fouilles, renouvelable tous les cinq ans. Cela permet donc à la France de garder sa mainmise sur les activités archéologiques de la région.

Musée de Gizeh

Les collections de l’Égypte antique étaient auparavant exposées au musée de Boulaq. Grébaut avait procédé au déménagement vers le musée de Gizeh, mais c’est grâce à Jacques de Morgan que les collections ont été classées, en six mois seulement. Il a aussi permis d’ouvrir 46 nouvelles salles, inaugurées avec faste, en présence du khédive.

Musée égyptien du Caire

Malgré les améliorations apportées à Gizeh, le bâtiment, un ancien palais, n’était pas adapté à sa nouvelle fonction muséale. Éloigné du centre-ville, il présentait par ailleurs l’inconvénient d’avoir une structure en bois, très exposée au risque d’incendie. C’est pourquoi Jacques de Morgan prend l’initiative de faire construire un nouveau musée au Caire. 

Il obtient un crédit du conseil des ministres égyptien et organise un concours international d’architecture pour sa réalisation. En 1897, Morgan organise une cérémonie pour la pose de la première pierre, en présence du khédive. Toutefois, le musée n’ouvrira ses portes qu’en 1904, après le départ de Morgan.