L'adolescence de Jacques de Morgan est dispersée entre différents établissements scolaires. D'une nature impétueuse, il a un potentiel indéniable, mais il n'est prêt à l'exploiter que pour approfondir des centres d'intérêt qui lui sont propres. 

Une scolarité chaotique

Jacques de Morgan passe ses premières années à Biou. Après le décès de sa mère, alors qu’il a sept ans, il déménage dans une maison de sa famille paternelle, en Picardie. Adolescent, il quitte la sphère familiale pour poursuivre son éducation.

Son père prévoit pour lui une carrière dans la Marine, et l’inscrit d’abord au collège de Cherbourg. Voyant le manque d’enthousiasme de son fils pour cette profession, il l’envoie au collège de Douai. Jacques de Morgan semble tout en détester, du corps enseignant aux élèves. Interpelé par le proviseur, il va jusqu’à le gifler, puis prend la fuite. Son passage au lycée de Lons-le-Saunier s’achève d’une façon similaire : réprimandé par le censeur qui lui reproche d’avoir jeté sa cigarette dans le jardin du lycée, il décrète qu’il ne viendra plus.

Baccalauréat 

Son éducation se poursuit alors grâce à des professeurs particuliers, à l’écart d’une structure éducative jugée carcérale. Mais ce surplus de liberté ne lui permet pas d’avoir son baccalauréat. Son père le place alors dans ce qu’on appelle une « boîte à bachot » : il s’agit d’un établissement où l’on rassemble les mauvais élèves pour qu’ils aient le baccalauréat en un temps record. Cela fonctionne : après un mois de bachotage, Jacques de Morgan obtient même la mention Très bien.