La conservation préventive vise à préserver l’intégrité des objets. Elle commence sous l’eau et se poursuit tout au long des différentes opérations qui marquent l’étude et le traitement scientifique d’un objet. 

Fort de l'expérience acquise, d'une part sur le chantier de fouille des épaves de la Hougue, d'autre part sur le site de la Natière, il a paru souhaitable de disposer à Saint-Malo, au sein de la base de fouille, d'une structure capable d'appliquer aux objets remis au jour les premières mesures conservatoires urgentes .

Aussi, dès 2000, un laboratoire in situ de conservation préventive a été adossé au chantier de fouille de la Natière afin d’assurer le suivi des objets, depuis leur prélèvement sur le site sous-marin jusqu’à leur nettoyage, leur stockage et leur conservation. Ce mode opératoire a démontré, au cours du projet de fouille, la qualité du lien qui unit archéologues et conservateurs en charge du patrimoine sous-marin atlantique et a mis en valeur la nécessaire symbiose qui doit prévaloir entre les deux disciplines. Si la confrontation avec les réalités du terrain a en effet montré aux responsables successifs de la cellule de conservation préventive la difficulté des enjeux d’un site sous-marin, la rigueur et la patience minutieuse des conservateurs ont en retour rappelé aux archéologues que les objets ramenés au jour étaient de grands blessés en urgence de médicalisation.

Le constant dialogue entre archéologues et conservateurs a contribué à ainsi améliorer sans cesse le processus de traitement des objets au cours de la fouille.