Bénéficiant jusqu’à l’aube des années 1670 du statut très particulier de port franc, conformément au privilège accordé depuis Charles VI aux ports bretons, le port poursuit son développement.

Structuré dès l’aube du XVIe siècle, l’armement terre-neuvier demeure le vieux socle du commerce malouin même si la morue sèche ne trouve pas preneur sur les marchés de l’Europe de l’Ouest et du Nord-ouest, ce qui interdit le retour en droiture et impose de revenir par le Sud de l’Europe. Loin d’en être gênés, les Malouins vont tirer force de ces retours déviés par la Méditerranée et s’imposent bientôt dans le trafic roulier qui innerve les circuits commerciaux intra-européens. Du même coup, ils ne sont guère déstabilisés quand s’ouvrent d’autres circuits d’échanges tel celui des Antilles où interdiction leur est faite, à partir des années 1670, de faire directement retour de leurs cargaisons à Saint-Malo.

La course, en temps de guerre, l’invention du voyage à la Mer du Sud, par le Cap Horn, le trafic à la Chine, par l’Indien ou le Pacifique et le commerce de Moka ne sont plus dès lors que des projections logiques de cette incroyable capacité d’adaptation d’une élite négociante malouine qui, au tournant des XVIIe et XVIIIe siècles installe Saint-Malo au sommet des villes portuaires françaises.