Le musée de site Villa-Loupian, un équipement d’un coût de 2,3 millions d’euros, est né d’une volonté locale, rassemblant des élus municipaux et une équipe de chercheurs, avec le soutien de la Direction régionale des Affaires Culturelles et des assemblées départementale et régionale. Ouvert en 2000, il reçoit chaque année 18 000 visiteurs, bénéficiant du potentiel d’une des zones les plus touristiques du Midi de la France mais aussi d’une politique d’accueil en direction des scolaires. 

La gestion du site est transférée en 2003 à la Communauté de communes du Nord du Bassin de Thau. Depuis cette date, la direction du musée assurée par Sélim Benalioua relève du service Patrimoine et Archéologie de cette collectivité, placé sous la responsabilité de Katia Turrel. Ses missions diversifiées comprennent aussi l’organisation de manifestations grand public (les Augustales, journées romaines). Grâce à l’agrément du ministère de la Culture et de la Communication (2006), les chantiers d’archéologie préventive confiés à Ronan Bourgaut apportent une opportunité de développement.

Après dix ans d’activité, les liens avec la Direction régionale des Affaires culturelles sont encore déterminants pour la structure avec la mise en place par Iouri Bermond (Service régional de l’Archéologie) de projets de fouilles programmées et préventives comme pour la tenue de séminaires en partenariat avec l’Unité Mixte de Recherche 5140 Archéologie des sociétés méditerranéennes (Lattes).