En novembre 1855, l'architecte Alphonse Delacroix présente une communication à la Société d'émulation du Doubs durant laquelle il propose de placer Alésia à Alaise, au sud de Besançon. L'hypothèse est audacieuse : l'oppidum gaulois était jusque-là traditionnellement placé à Alise-Sainte-Reine en Côte-d'Or. Bientôt, de nombreuses autres communes se portent candidates pour incarner le site emblématique : Izernore dans l'Ain, Novalaise en Haute-Savoie...

« Les uns pensent à l'aise, les autres pensent à Lise » 

Deux camps se forment, et bientôt partisans d'Alise et partisans d'Alaise s'affrontent par articles interposés. Le camp pro-Alaise compte dans ses rangs d'éminents savants, versés dans la géographie antique, comme Ernest Desjardins ou Jules Quicherat. En face, le camp pro-Alise mené par l'archiviste départemental de la Côte-d'Or, Claude Rossignol, défend coûte que coûte le site bourguignon. La France savante est en ébullition. La Commission de Topographie des Gaules (CTG) se doit de prendre position. Rejetant l'hypothèse d'Alaise, elle envoie ses membres étudier le site d'Alise-Sainte-Reine qui en reviennent convaincus. Sur ordre de Napoléon III, la Commission y lance des fouilles archéologiques de grande ampleur.

Les premières fouilles d'Alésia : avril 1861 – septembre 1862

L'opération, lancée en avril 1861 sous la conduite de Félicien de Saulcy, d'Alexandre Bertrand et du général Casimir Creuly, est en tout point remarquable. Dotée d'un budget très conséquent, la CTG parvient en un peu plus d'un an à repérer avec précision les fossés du siège de César tout autour de l'oppidum. Le chantier mobilise parfois jusqu'à cent ouvriers. Un important mobilier est exhumé, notamment de grandes quantités d'armes, dont une partie est publiée dès 1861 dans la Revue archéologique. L'Album des fouilles d'Alise-Sainte-Reine, document exceptionnel probablement destiné à Napoléon III, regroupe les plans et coupes levés par la CTG sur le site.