Le site de la mosquée a été constamment exposé à des destructions, qu’il s’agisse de tremblements de terre, d’incendies, ou encore de malfaçons. Chaque phase de destruction a donné lieu à des restaurations, certaines modifiant de manière importante le parti pris originel de l’époque omeyyade.

Un terrain propice aux tremblements de terre

Le plateau où se dresse la ville de Damas est un site à fort potentiel sismique, de par sa situation à proximité de la grande faille du Levant, en bordure de plaques tectoniques. Il a donc subi de nombreux tremblements de terre, référencés dans les sources écrites dès le deuxième millénaire avant notre ère, au moins.

Si la mosquée a été relativement épargnée ces deux derniers siècles, l’activité sismique a occasionné plusieurs phases de destructions importantes qu’ont révélées les sources et l’étude du bâti. Ainsi, dès 749, moins de 50 ans après sa fondation, la toiture et la coupole de la salle de prière s’effondrèrent suite à un tremblement de terre. En 848, un quart de l’édifice, comprenant le minaret fondé par al-Walîd – dit de la mariée –, fut démoli. En 1157, une partie des mosaïques fut affectée définitivement. En 1201 et 1202, deux nouveaux épisodes sismiques démolirent en partie les trois minarets. En 1759 enfin, la violence du tremblement de terre affecta de nouveau les minarets, ainsi que le dôme sur la salle de prière et le portique nord.

Des incendies dévastateurs

La situation de la mosquée au cœur de la ville densément peuplée l’a également exposée à plusieurs incendies dévastateurs. Ainsi en 1069, un premier incendie affecta lourdement la salle de prière, notamment la coupole et la toiture, ainsi que les portiques sur cour. En 1174, ce sont les minarets d’al-Meskiya, à l’ouest, et celui de la mariée, au nord, qui s’effondrèrent en raison d’un incendie. En 1401, Tamerlan brûla la mosquée, endommageant de nouveau le minaret ouest. Enfin, en 1893, l’incendie d’une grande violence fut documenté par une couverture photographique. Les plafonds de la salle de prière furent engloutis par les flammes, et plusieurs piliers situés dans la partie orientale de cette salle s’effondrèrent. Une grande partie des mosaïques fut touchée.