À partir du IIe s. avant notre ère, l’enceinte protohistorique est progressivement démantelée : elle constitue en effet une gêne importante pour l’extension urbaine. De plus, elle a maintenu les habitats successifs pendant près de quatre siècles, limitant les accumulations de niveaux, et créant ainsi un fort dénivelé entre l’intérieur et l’extérieur de la cité.

Plusieurs transformations vont être opérées:
- La porte située au nord (P5) est transformée en collecteur d’eau.
- Plusieurs brèches sont ouvertes pour créer de nouveaux passages.
- Le rempart sert également d’appui à des bâtiments utilitaires qui se développent en liaison avec le rôle économique croissant du port.
- Des puits sont creusés dans la ville. À la même époque, les habitants construisent deux digues au sud-ouest de la ville pour contenir les eaux de la lagune et du fleuve et faciliter l’extension urbaine. À partir du début du Ier s. de notre ère, le rempart ne semble plus n’être qu’un souvenir dans le paysage : la mise en place de la ville romaine dont le centre se situe désormais plus au nord sonne la fin d’un monument de prestige qui marqua un temps la puissance et la cohésion de la cité portuaire de Lattara.