Miraculeusement préservés de la destruction par suite de l’ensevelissement rapide des vestiges dans des couches de sédiment en anaérobie, les objets trouvés en contexte d’épave sont l’équivalent de grands blessés qui doivent être manipulés avec précaution. Composés à près des deux tiers de matériaux organiques (bois, cuirs, cordages), ces objets gorgés d’eau sont facilement déformables. 

L’équipe de fouille a développé un certain nombre de techniques de prélèvement destinées à la fois à garantir la conservation des objets eux-mêmes et à préserver tout leur potentiel d’information. Des socles de dimensions variées sont ainsi à la disposition des fouilleurs de même que des bandes crêpées de toutes tailles. Elles protègent les objets du séchage, de la lumière et des chocs mécaniques, tout en les maintenant en connexion. Dans le cas d’objets complexes et assemblés, le choix peut être fait d’un prélèvement intégral, en motte, ou bien d’un démontage systématique de chacun des éléments qui les composent. Des repères sont alors fixés à chaque pièce afin de favoriser leur remontage et leur étude à terre. 

Des prélèvements sont, par ailleurs, réalisés systématiquement dans les couches archéologiques homogènes ou dans les ensembles clos, afin d’identifier la présence éventuelle des macro-restes qui peuvent y être conservés.