Au fur et à mesure du projet de fouille, et en fonction de l’avancée du projet et des aléas climatiques, des études spécifiques ont été engagées par les fouilleurs. 

Ainsi, à chaque fin de campagne, les grands éléments de tonnellerie, le plus souvent trouvés disjoints sur les épaves, ont été collectivement étudiés afin de restituer la morphologie des futailles originelles et d’observer les éventuelles marques et traces qui peuvent y être conservées. 

Plus ponctuellement, des remises en forme de petits ouvrages de barillat disjoints ont été réalisées, notamment un petit bidon destiné à l’équipage et un seau d’entretien du navire. 

Le projet de la Natière a également fourni l’occasion de mettre au point une stratégie de prélèvement, d’étude et d’inventaire pour des matériaux méconnus et mal documentés. C’est particulièrement le cas des cordages de chanvre. Omniprésents sur les épaves, ceux-ci sont parmi les vestiges les plus délicats à fouiller, à prélever et à identifier. Le projet de la Natière a donné le jour à une fiche d’inventaire spécifique aux cordages et a mis en évidence le grand apport de ces vestiges pour la compréhension de la vie à bord et de l’approvisionnement des navires.